Commandée en 1125–1126 CE par le vizir fatimide al-Ma’mun al-Bata'ihi sous le calife al-Amir, la mosquée d’al-Aqmar est renommée pour sa façade en pierre finement sculptée, ornée de motifs « Muhammad et Ali » et d’inscriptions en kufique. Le plan du bâtiment épouse la rue al-Mu’izz tout en conservant l’orientation vers la qibla. Un minaret fut ajouté à l’époque mamelouke, et elle a connu plusieurs restaurations.